Для выполнения ремонта или оптимизации базы данных потребуется утилита mysqlcheck.

Чтобы отремонтировать все базы данных:

mysqlcheck -Ar -u user -p pass

Чтобы оптимизировать все базы данных:

mysqlcheck -Ao -u user -p pass

Отремонтировать и оптимизировать все базы данных:

mysqlcheck -Aor -u user -p pass